本发明涉及一种密钥派生加密的移动终端数据安全删除的方法及系统，首先根据闪存的存储层次组织结构特性建立节点树，给根节点分配主密钥，并执行密钥派生算法得到节点树其他节点密钥；随机获取文件数据的少量文件分量；由文件存储的节点密钥和文件分量通过异或运算生成文件的加密密钥；用户使用文件密钥对文件进行加密操作，获得密文；存储密文和文件分量，同时删除文件密钥和节点密钥；通过闪存转换层统计闪存存储单元阵列中被标记为无效数据的数量和分布。本发明通过灵活性选择密钥删除和块擦除操作实现数据细粒度安全删除,并且密钥的产生和更新过程只涉及哈希算法以及对称加密有效地降低了系统开销。