本发明公开了复合发酵菌剂和鱼蛋白氨基酸水溶肥的制备方法，包括：1)将兼性厌氧的芽孢杆菌，耐氧性厌氧的乳杆菌，专性厌氧的双歧杆菌混合组成复合发酵菌剂；2)将玉米淀粉，酒石酸铵，磷酸氢二钠，葡萄糖，复合发酵菌剂和水混合，搅拌均匀，活化复合发酵菌剂；3)将鱼贝类、水产品加工下脚料粉碎成匀浆，去除杂质，计量加入发酵罐内；将已经活化的复合发酵菌剂按匀浆重量的0.2‑5％加入于发酵罐内，与匀浆混合均匀；将发酵罐密封，静置在常温下发酵10‑15天后得到发酵醪；4)将发酵醪用过滤器进过滤，得到的发酵液即为鱼蛋白氨基酸发酵液；5)在鱼蛋白氨基酸发酵液中加入铜、铁、锰、锌、硼、钼微量元素至少一种制得所需的鱼蛋白氨基酸水溶肥。