本发明涉及一种流域深潭浅滩分子流体生态修复的方法。主要由深潭、边坡和浅滩三部分修复方法组成，在实施深潭浅滩生态修复前，先按照以下条件进行选取：条件1：流域内是否存在深潭；条件2：流域内是否存在浅滩；所述的深潭修复中的污染物总量削减，主要是通过高溶氧技术、微生物消解技术、生态因子调控技术和污泥减量化技术来实现流域内污泥减量化；所述的边坡修复中的水土稳固，主要是通过铺设生态护坡砖和种植耐水湿植物来实现边坡水土稳固；所述的浅滩修复中的生态系统构建，主要是通过构建植物生态系统、构建微生物生态系统和构建动物生态系统来实现生态系统的构建。实现微生物生态系统健康有序发展，有效降解水体污染物。