本发明公开了一种多模态神经影像数据自动信息融合系统，包括：原始数据管理模块，用于存储和管理针对被试采集的神经影像数据以及研究记录；数据转换模块，用于对所述原始数据进行脱敏处理和格式转化；多模态数据管理模块，用于存储和管理数据转换模块转换后的数据；数据预处理和特征提取模块，用于对多模态数据库中存储的数据进行预处理及特征提取；图谱和模板数据管理模块，用于存储和管理图谱与模板；多模态特征数据管理模块，用于存储和管理特征数据；分组或跟踪对比评估模块，用于对被试进行分组或跟踪对比评估。本发明可应用在多模态脑MRI信号的数据分析和信息融合中，可实现对脑肿瘤、脊髓脊柱损伤和脑卒中患者数据进行自动分析。