一种微操作系统的微操作空间的数字化方法，通过计算机显微视觉断层扫描技术、计算机显微视觉切片扫描技术在微操作系统各单目显微视觉系统光轴所在的方向垂直的两个正交方向上对微操作空间进行切片扫描获取切片扫描位置，沿显微视觉系统光轴方向上进行断层扫描获取断层扫描图像序列，并计算各单目显微视觉系统获取的微操作空间，计算各个方向上的三维数字化微操作空间的相交空间，即为数字化的微操作系统的微操作空间。该方法不仅在保证高分辨率的同时，提高了成像的视场或景深范围，而且将超视场或超景深的微操作系统空间信息进行数字化表示，形象直观表征了微操作空间下物体的三维信息，以实现在微操作空间空间下高效率、高精度、全自动的装配或操作。