本发明公开了一种基于移动支付的医疗收费方法、系统及装置，方法包括：交易接口根据待缴费信息的支付请求生成订单信息；交易接口根据订单信息、平台支付流水号以及HIS流水号，向用户端反馈支付凭证；支付平台根据交易接口发送的订单信息，生成用户验证信息；支付平台在用户验证完成后得到的平台支付流水号以及第二对账单；医院系统根据交易接口发送的订单信息以及支付平台发送的平台支付流水号，生成HIS流水号；医院系统对患者待缴费信息进行更新，并生成收款单和三方对账结果。系统包括交易接口、支付平台和医院系统。本发明实现了对移动支付的统一管理以及三方对账，提高了业务吞吐量和工作效率，可广泛应用于医疗系统技术领域。