本发明提供了一种生物气溶胶粒子计数监测系统及其监测方法，该监测系统包括：用作特定粒径的粒子通道的进气管，所述进气管中部设置有灭活区；灭活辐射源，用于对所述进气管内的生物气溶胶粒子进行辐射灭活；光学检测室，用于光束的传输与检测；出气管和气泵；激发光源，用于发射荧光激发光束；消光陷阱，用于吸收激发光束；第一光电探测器，用以探测米散射光信号，用于粒子计数及粒径尺寸计算；第二光电探测器，用以探测荧光信号，用于判别气溶胶粒子是否为荧光粒子。本发明采用灭活辐射源对生物气溶胶粒子进行辐射灭活，结合生物荧光淬灭的方法来识别生物气溶胶，有效排除草木、石油燃烧等自然界中其他非生物荧光物质的干扰。