本发明公开一种回注水处理系统及方法，该回注水处理系统包括除油罐、沉降罐、反应罐、过滤器和电解装置，过滤器的出口与第一出水管道和第二出水管道连通，电解装置的进口与第二出水管道连通，电解装置的出口通过第一阀门连接于沉降罐的进口以连通或断开电解装置与沉降罐，通过第二阀门连接于反应罐的进口以连通或断开电解装置与反应罐。本回注水处理系统及方法中，电解装置从过滤器的出水管道取水，能减少电解装置的污染、延长使用寿命和降低耗能；第一阀门和第二阀门分流电解液，可以减少由于电解液浓度过高加快管路腐蚀的影响，杀菌时持续杀灭效果好，保证了延程水质稳定；电解装置产生杀菌物质，成本低廉，经济性好并且不产生耐药性。