本申请实施例公开一种虚拟机数据通信方法和系统以及虚拟机配置方法和装置，宿主机上的第一PCIe设备和第二PCIe设备被配置为虚拟机的直通设备，第一PCIe设备和第二PCIe设备用于处理虚拟机的数据，虚拟机指示第一PCIe设备向第二PCIe设备传输数据，该通信方法包括：第一PCIe设备所连接的交换机接收第一PCIe设备发送的传输层报文，传输层报文包含待传输数据的源地址和待传输数据的目的地址，源地址为第一PCIe设备的地址，目的地址为第二PCIe设备的地址，交换机将传输层报文与预置的转发规则进行匹配，在传输层报文匹配转发规则的情况下，将传输层报文转发至第二PCIe设备。通过在PCIe交换机上直接转发传输层报文至PCIe设备，可提高直通至同一虚拟机的两个PCIe设备之间的数据传输速度。