本发明公开了一种弱碱微波水解蚕茧的方法，包括如下步骤：（1）清洗烘干；（2）切割分离；（3）一次水解脱胶，将蚕茧片与由碳酸氢钠和氯化钠混合的弱碱混合液加入到微波反应器中，在80℃温度的常压下水解110—130min，水解后得到粗丝胶肽溶液和蚕丝蛋白纤维固体,抽出粗丝胶肽溶液并进行超滤过滤，得到丝胶肽蛋白；（4）二次水解提取丝素肽蛋白，再次向微波反应器中加入弱碱混合液，然后在100℃温度的常压下水解110—130min，并保温8—11h，蚕丝蛋白纤维固体被完全水解成粗丝素溶液，对粗丝素液进行超滤过滤，得到丝素肽蛋白。本发明能一次性有效地制备出丝胶肽蛋白和丝素肽蛋白，达到了提高制备效率和产品利用率的目的。