本发明公开了一种采用如下方法制备的复合纤维素酶系，所述方法包括以下步骤：将转化有桧状青霉来源的阿魏酸酯酶基因和桧状青霉来源的脱氢酶基因的黑曲霉发酵培养获得发酵培养液Ⅰ；将里氏木霉发酵培养获得发酵培养液Ⅱ；以及将发酵培养液Ⅰ与发酵培养液Ⅱ按照一定体积比复配获得复合纤维素酶系。复合纤维素酶系可有效完善里氏木霉酶系，进而有效提高里氏木霉酶系降解结晶纤维素的速度。本发明还提供了一种复合纤维素酶系的应用，在酵母同步糖化发酵生产淀粉燃料乙醇过程中，添加复合纤维素酶，一方面降低玉米醪液的粘度，另一方面将残余的纤维素和淀粉进一步水解，实现由玉米到燃料乙醇的高效转化，从而为乙醇发酵工业带来显著的经济效益。