本发明公开了一种多电池充电系统及多电池的充电方法，所述多电池充电系统包括：采样装置、微控制单元、电能输入装置和充电支路。所述多电池的充电方法包括：步骤S1，检测太阳能或风能的当前输入功率、充电支路的数量以及各充电支路中电池的电压；步骤S2，根据检测结果计算脉冲电流、脉冲时间和脉冲间隔时间，并按照计算出的脉冲电流、脉冲时间和脉冲间隔时间，对各充电支路中的电池进行充电。本发明的充电系统及充电方法能够根据功率不断变化的供电能源实时调整脉冲电流、脉冲时间和脉冲间隔时间，能够更有效的利用这些功率不断变化的供电能源。