公开了一种中深层异常体地震速度建模方法及系统。该方法可以包括：步骤1：根据原始模型获得初始深度域速度模型；步骤2：根据初始深度域速度模型与共中心点道集，进行目标线叠前深度偏移，获得深度域CRP道集；步骤3：根据深度域CRP道集，拾取剩余速度，进而获得剩余延迟；步骤4：判断成像剖面是否存在异常体，若否，获得最终的深度域速度模型；若是，以更新的深度域速度模型为初始深度域速度模型，重复步骤2‑4。本发明根据高信噪比区拾取深层与低信噪比区的剩余速度，判断异常体并填充，获得成像剖面清晰、速度谱剩余能量小、道集平整、沿层速度谱剩余小、数据可信度高的深度域速度模型。