本发明公开了一种有源滤波器输出电流的控制系统，其特征在于，包括变流器、LCL输出滤波网络、内环控制器及外环控制器；外环控制器用于将变流器网侧电流信号作为输入信号、电网侧输出电流作为反馈信号，外环控制器对对信号处理后输出到内环控制器，内环控制器采用电流波形电流波形瞬时值跟踪控制，产生输出信号输出到变流器，实现了对每个频率成分的精确控制，变流器的输出端与LCL输出滤波网络电连接可用于同时补偿多个频率成分的谐波电流，控制系统的外环设置有闭环控制每个频率成分的幅值与相位的外环控制器，解决了同时控制多个频率成分时，每个频率成分的控制效果会互相影响耦合的问题，实现多频率成分组合波形的精确控制。