本发明公开了一种生物柴油连续酯交换反应系统及其酯交换反应方法，解决占用厂房内空间大、以及酯交换效率低的问题。本发明包括油脂加热器，磁力搅拌罐，管式反应器，以及泄压罐；油脂加热器连接有低酸油脂输送管，油脂加热器与磁力搅拌罐之间连接有醇油混合输送管，醇油混合输送管上连接有碱甲醇输送管，磁力搅拌罐与管式反应器之间连接有预反应物输送管，管式反应器与泄压罐之间连接有用于将管式反应器内的反应物输送至泄压罐内的反应物输送管，泄压罐的底部连接有脂肪酸甲酯外输管，泄压缓冲罐的顶部连接有甲醇回收管。本发明结构简单、设计科学合理，使用方便，占用厂房空间小，并且酯交换效率高，可连续进行酯交换反应。