本发明提供一种在酵母中表达生产藻蓝蛋白β亚基的方法，包括以下步骤：(1)将藻蓝蛋白β亚基编码基因与载体连接，得到重组质粒，所述重组质粒含有启动子；(2)制备酵母感受态细胞，将重组质粒经电转化法转入酵母感受态细胞，培养得到酵母转化子，筛选阳性酵母转化子；(3)阳性酵母转化子转接入发酵培养基中培养。本发明成功实现在酵母中表达生产藻蓝蛋白β亚基，发酵结束后，藻蓝蛋白含量达到60.8～167.6mg/L，占总蛋白的40.5～61.3％。本发明方法不仅藻蓝蛋白得率较高，操作简单，原料易得，成本低，而且本发明在酵母中表达生产藻蓝蛋白β亚基，为进一步研究藻蓝蛋白的β亚基功能提供了大量的基础材料。