本发明公开了一种应用程序文件管理方法及系统。其中，所述方法包括：设置配置的第一存储分区用于存储应用程序安装过程中的签名数据文件，设置配置的第二存储分区用于存储应用程序在使用过程中的缓存数据文件，设置配置的第三存储分区用于存储应用程序在更新过程的执行代码数据文件，根据该配置的第一存储分区和第二存储分区和第三存储分区中存储的应用程序数据文件，检测应用程序是否需要更新，根据该检测出的应用程序是否需要更新的检测结果，在该检测结果是应用程序需要更新时，更新该应用程序。通过上述方式，能够实现能快速更新应用程序，应用程序更新过程消耗时间少，用户体验较好。