本发明属于造血干细胞测定技术领域，公开了一种测定造血干细胞移植后患者骨髓微循环环境检测的系统和方法，所述测定造血干细胞移植后患者骨髓微循环环境检测的系统和方法包括：图像采集模块、血压检测模块、心率检测模块、主控模块、细胞标记模块、活性检测模块、显示模块。本发明通过细胞标记模块不仅易于阅读，而且避免命名冲突，方便查阅；同时，通过活性检测模块无需使用大型仪器设备，无需对细胞进行损伤性操作，减少了骨髓间充质干细胞受到损伤、污染的可能性，同时还具有流程简单、操作简便、成本低等优点。