本发明涉及一种基于多个非对称密钥池的抗量子计算多重加密云存储方法和系统，用户端配有密钥卡，将利用文件密钥加密数据文件形成的密文再次加密，并将文件密钥以加密形式上传服务器；服务器接收用户端个人密钥、数据密钥、防御公私钥指针随机数、加密的密文、防御公钥加密的防御密钥；用户端下载各参数值，在己方密钥卡中利用身份私钥获得文件密钥，利用防御公私钥指针获得密文，文件密钥解密密文获得数据文件。云存储全过程中，服务器无法接触用户端各类密钥及数据文件，且服务器上存储的密文使用防御公钥进行了进一步加密，同时用仅对密钥卡公开的公钥对文件密钥加密，使用密钥卡存储公钥，密钥卡的设置降低被恶意软件窃取密钥的可能性。