本发明公开了一种优化的鸡α干扰素肽链及其重组表达工程菌株，所述重组表达工程菌株的制备方法为：将优化的鸡α干扰素基因连入毕赤酵母表达载体pPIC9k中，然后运用电转化方式整合入毕赤酵母基因组中即得重组鸡α干扰素的毕赤酵母工程菌株。与天然干扰素基因序列重组菌株相比，该重组毕赤酵母的鸡α干扰素的表达量提高了2倍，抗病毒活性提高了42倍；重组鸡α干扰素的毕赤酵母工程菌株表达的上清中，鸡α干扰素蛋白纯度高达80%，分离纯化工艺简单，透析超滤除菌后即可使用，能够实现鸡α干扰素的工业化生产。