本发明提供一种镉活化微生物的摇瓶复筛方法，包括如下步骤：将供试菌株接种于盛有含镉培养基的摇瓶中发酵培养，并以培养基中接种蒸馏水作为对照组；将发酵培养后的培养物和对照组分别分离得到滤渣和上清液；培养物的上清液稀释后测定镉离子浓度；对照组的上清液稀释后测定镉离子浓度；将培养物的滤渣用去离子水清洗至滤液中基本无镉离子存在后，用酸溶解滤渣中的难溶性镉物质，分离得到培养物滤渣的上清液，稀释后测定镉离子浓度；计算后判断供试菌株的镉活化能力及镉吸附能力。本发明方法操作过程简单易行，且耗时相对较短，可直接或间接测得菌株的镉离子活化量，也可体现出菌株对镉离子的吸附情况。