本发明提供了一种用于微生物计数的检测系统，其包含：具有流体入口与流体出口的流体泵、流体控制装置和光谱检测系统，其中，所述流体控制装置包括混样池、具有第一端部和第二端部的流体管路以及稀释液池；其中，所述混样池分别与所述流体出口、第一端部以及稀释液池流体连通，所述流体管路包含倒V型管单元，所述倒V型管单元包含上升部分和下降部分，并且，靠近所述第二端部的位置设有检测区；所述光谱检测系统包括光源和检测装置，其中，所述光源被设置为产生从所述检测区穿过的激发光；所述检测装置被设置为接收并检测从所述检测区产生的光信号，以产生光谱。本发明还提供了一种用于微生物计数的方法，其包括使用本发明的检测系统。