本发明提供了一种鉴定肠道微生态状态的引物组合物及其应用，所述引物组合物为针对肠道细菌的16S rRNA设计的特异性引物，所述特异性引物包括随机碱基，所述随机碱基的个数为3‑5个；所述肠道细菌包括共生梭菌、青春双歧杆菌、具核梭杆菌、厌氧消化链球菌或克雷伯氏菌属中的任意一种或至少两种的组合。基于本发明的引物组合物研发的试剂盒，检测肠道微生态失衡的特异性高达92.5％，灵敏度高达80.43％。