本发明公开一种质子交换膜燃料电池阴极侧含水量的软测量方法，其中，阴极侧含水量的软测量方法包括如下步骤：实时采集质子交换膜燃料电池进出口的可测参数，包括燃料电池阴极入口的温度、相对湿度和压力，阴极出口的温度和压力，以及燃料电池内部反应温度；然后在建模软件中基于燃料电池内部水传递机理模型实现阴极侧含水量的软测量。采用本发明的软测量方法可准确及时地计算出阴极侧所含水蒸汽质量的大小，结合当前燃料电池反应温度下的饱和水蒸汽含量，从而反映出燃料电池内部的运行状态的优劣，特别是能够判断燃料电池内部是否积水，使燃料电池内部的湿度闭环控制成为可能。