本发明公开了一种植物染棉纱线与化学染棉纱线色谱快速鉴别方法，包括以下步骤：将染色棉纱线置于超声清洗器中，在常温下超声清洗；将超声清洗处理后的棉纱线放入烧杯中，并加入氢氧化钠溶液，加热至沸腾，停止加热后进行超声处理；然后将棉纱线取出，保留残液用于下一步鉴别；将用于色谱展开的白色硅胶板制长条状，使用移液枪转移100μL残液至硅胶板下部；将硅胶板底部浸入展开剂中，然后迅速抽离出溶液，将硅胶板置于干燥通风处静置；观察硅胶板，若硅胶板为白色，则上述棉纱线为化学染棉纱线；若硅胶板仍存留颜色斑点，则上述棉纱线为植物染棉纱线。本发明分析快速、操作简便、解读简单，解决了市场上现存的植物染产品鉴别困难的问题。