本发明提供一种分布式小微能源站自控系统及控制方法，工控机接收并存储用户设置参数，工控机通过与单机控制器连接并实时通信以显示和监测用户设置参数和系统实际工作参数，单机控制器根据用户设置参数和采集到的系统实际工作参数，通过PID调节控制外部设备来调节系统实际工作参数，当系统实际工作参数满足一定值时，单机控制器引导发电机内部元件振荡，进而带动发电机磁铁运动开始发电，发电机正常工作后，通过整流、逆变给蓄电池充电及实现并网功能，进一步通过PID调节外部设备使发电机尽可能达到最佳工作状态，同时通过控制发电热源来匹配当前发电机最佳工作功率；通过工控机可以同时监控多台发电机及相关设备，起到自动智能的有益效果。