本发明公开了一种用微通道反应器制备双((3,4‑环氧环己基)甲基)己二酸酯的方法，包括如下步骤：以3‑环己烯‑1‑甲醇和己二酰氯为原料，在第一微反应器中进行酯化反应制得中间体双((3‑环己烯基)甲基)己二酸酯；以过氧乙酸为氧化剂，在第二微反应器中将中间体双((3‑环己烯基)甲基)己二酸酯上环己烯基的碳碳双键进行选择性环氧化反应，制得双((3,4‑环氧环己基)甲基)己二酸酯。本发明采用原位法，在制备过氧乙酸的同时进行烯烃的环氧化反应，工艺过程易操作；酯化反应温度低，副反应少，后处理简单，效率高；反应收率高、产品纯度高，且中间产品的转化率和产品的选择性都有了非常明显的提升；产品分离过程操作简单，适合连续化生产工艺。