本发明公开了一种棉花单粒种子微创取样器，属于棉花加工技术领域，解决了现有装置在使用过程中不能够对棉种进行筛选的问题；其技术特征是：包括底座、缓冲支撑机构、第一立柱和取样机构，底座的上表面固定安装有缓冲支撑机构，缓冲支撑机构的上方设有用于放置样品的样品放置板，缓冲支撑机构上表面左侧通过螺栓固定连接有第一立柱，第一立柱的顶部焊接有横板，横板的下表面固定安装有第二液压缸，第二液压缸的伸缩端固定连接有取样机构，本发明能够预先对样品进行筛选，大大减少在对特定样品种植过程中不必要的浪费，提高种植效率。