本发明涉及医学技术领域，尤其为一种高通量全自动细胞光学检测系统，包括吸液取样单元、气体通路与泵组、光学模组、生物芯片、检测运动平台、液体单元和综合控制与信息处理单元，所述气体通路与泵组包括第一气体过滤单元、第一气压/虹吸单元、第二气体过滤单元、第二气压/虹吸单元，所述光学模组包括细胞图像光路、细胞图像相机、第一细胞图像光路调焦机构、细胞计数光路、细胞计数相机和第二细胞图像光路调焦机构，所述液体单元包括通路与储存容器，所述样本运动平台的内部设置有光源。通过该系统使细胞药品连续生过程中的批量光学检测成为可能，满足细胞药品分布式批量生产的刚需，使新型的床边药品生产成为可能，大大提高检测效率。