本发明属于土壤保护技术领域，具体涉及一种农田土壤重金属污染的修复方法。该方法采用重金属钝化剂与土壤混合均匀，养护后种植第一农作物，然后种植超富集植物，同时施加重金属活化剂，再然后施加钝化剂，种植第二农作物后，先施加重金属钝化剂可以有效降低重金属淋失风险，同时避免重金属富集于农作物内，而后再施用重金属活化剂，种植超富集植物，吸收重金属，降低土壤中重金属的含量，植物根系未覆盖范围内土壤中的重金属由于重金属钝化剂的存在保持低淋失风险。本发明采用植物富集技术和施加重金属钝化剂的方法既可以从根本上去除重金属的问题，又可以在种植作物时对重金属进行钝化处理，提高了土壤的使用效率。