本发明公开了一种ε‑聚赖氨酸的分离方法，所述分离方法为：往ε‑聚赖氨酸发酵液中加入吸附剂，所述的吸附剂是纳米级磁性四氧化三铁或者是通过十二烷基硫酸钠、十二烷基磺酸钠或柠檬酸钠对纳米级磁性四氧化三铁进行改性而获得的改性四氧化三铁，充分吸附后用强磁铁将吸附剂分离，分离得到的吸附剂经水洗后用氨水进行洗脱，得到ε‑聚赖氨酸洗脱液。本发明提供的磁性纳米材料(即纳米级磁性四氧化三铁)具有独特的超顺磁性，尤其是对磁性纳米材料进行特殊修饰提高了其对于ε‑聚赖氨酸发酵液中的ε‑聚赖氨酸的选择吸附效果，缩短了分离周期，提高了分离效果，并且分离工艺操作简单、成本较低。