本发明涉及一种生物活性多孔聚醚醚酮材料及其制备方法和应用。该活性多孔聚醚醚酮材料的孔径为450～800μm，孔隙率为30～95％，孔的内表面含有羟基磷灰石微球。先将羟基磷灰石微球均匀粘附在NaCl粒子的表面，烧结得到复合致孔粒子，然后将复合致孔粒子和聚醚醚酮混合均匀，压实和烧结，最后去除NaCl即得到多孔聚醚醚酮材料。该材料可根据需要载入促成骨药物和抑菌药物，内表面羟基磷灰石微球的加入，不仅能够有效的改善聚醚醚酮的生物惰性，使其具有生物活性，还能够负载药物和生长因子，且具有良好的缓释效果，起到良好的促成骨和抑菌的性能。该发明工艺简单，成本低廉，且结构可控，载药方便等优点。