本发明公开了一种纳米纤维复合过滤纸的生产工艺，将TPU溶解于混合溶剂配制第一和第二静电纺丝溶液；将基材置于纳米纤维复合过滤纸量产化设备上，采用高压静电纺丝的方法将第一静电纺丝溶液及第二静电纺丝溶液在基材的表面及空隙上形成纳米纤维膜层。能够连续的在基材表面形成纳米纤维层，所使用的TPU纳米纤维层对油的接触角为0°，对水的接触角为150°以上，对燃油中油水分离的效率达到99％以上。可实现对燃油中的水份先分离处理，进而再进行过滤，同时实现了对燃油的油水分离和过滤。最终分离出来的水份能及时脱离滤芯中滤材的表面下沉至集水杯中。珍珠状纳米纤维中含有未完全挥发的溶剂，确保纳米纤维层在高压燃油通过时不被冲散或者剥离。