本发明属于生物产品生产技术领域，尤其为一种全自动细胞分离培养系统，包括样本传递室，样本传递窗的一端固定安装有细胞分离工作室，细胞分离工作室的背部固定安装有离心管供应室和废料回收室，并且在细胞分离工作室的一端还固定安装有细胞换液传代工作室，在细胞换液传代工作室的背部固定安装有低温试剂供应室和培养瓶供应室。本发明的全自动细胞分离培养系统，通过样本传递窗、细胞分离工作室、离心管供应室等工业机器人的大量运用，使细胞类制品能够在高智能化的生产线上进行全自动分离、换液、培养、传代和采集等，提升了培养效率，使培养质量稳定，产品量化均匀，减少了人力、物力、财力和时间和人为污染细胞制品几率。