一种电磁式扫描光栅微镜的复合控制系统，包括角传感信号获取与预处理模块、鉴相模块、驱动电流检测模块、闭环控制算法模块、扫描光栅微镜驱动模块和通讯模块。系统采用DSP作为主控芯片，当DSP接收到从模/数转换器ADC采样转换后的集成角传感信号、驱动与角传感之间的相位差信号和驱动电流信号后，进行闭环控制算法的运算，决定输出到DDS和DAC的驱动信号的频率值和幅度值。DDS和DAC的输出信号经过信号的合成及功率放大后被加载到电磁式扫描光栅微镜的驱动线圈上，形成闭环控制系统。该系统通过驱动信号频率控制器和驱动信号幅度控制器实现对扫描光栅微镜的谐振频率追踪和扫描角度控制，抗干扰能力强、控制精度高、长期稳定性好、集成度高、灵活性好。