本发明公开了一种基于多维网络的癌症细胞系治疗药物预测方法，主要解决现有技术对癌症细胞系治疗药物预测结果准确率低的问题。其方案是：下载n个癌症细胞系的数据，构建癌症细胞系相似性网络；下载m个药物的数据，构建药物相似性网络；在癌症细胞系相似性网络中，利用扩散成分分析算法计算得到n个癌症细胞系的低维特征向量矩阵；在药物相似性网络中，利用扩散成分分析算法计算得到m个药物的低维特征向量矩阵；获得药物反应的逻辑回归模型；计算药物和癌症细胞系之间为敏感性关系的得分；通过敏感性关系得分判断药物对癌症细胞系是否具有治疗作用。本发明提高了对癌症细胞系治疗药物预测结果的准确率，可用于癌症对药物的反应预测实验。