本发明提供了一种基于沉积柱快照的湖泊历史生态健康评价方法，包括采集湖泊柱状沉积物样品、选择“快照法”层位、计算每个层位的沉积物中生物亚化石群落的属种百分含量、确认自然生态本底状态和计算湖泊修复后的生态质量指数的步骤。所述的方法首次从系统角度，利用沉积物中的多生物门类亚化石来评价历史水体生态系统健康程度，从而实现水体系统健康状况更为全面、客观的长期评估；具有指标综合性好、耗费低、方便简捷等特点。利用本发明的评价方法可方便地计算湖泊历史时期生态健康状态偏离湖泊自然状况的程度，对区域水环境生态状况的监测，认识湖泊的演化轨迹，探析湖泊环境退化机制与预警，湖泊生态保护具有重要的指导意义与推广价值。