本发明公开了一种水足迹可持续性评价方法，包括步骤：计算区域可持续水资源量与区域生产水足迹之差，获取区域水资源超载；计算区域消费水足迹与区域生产水足迹之差，获取区域水资源贸易赤字；计算区域可持续水资源量与区域消费水足迹之差，获取区域水资源赤字；根据区域水资源超载、区域水资源贸易赤字、区域水资源赤字评价区域水足迹可持续性。本发明通过比较研究区域水足迹与区域可持续的水资源量，反映了生产、消费和贸易与水资源禀赋的关系，将贸易影响纳入水足迹评价的方法体系中，使水足迹评价更加科学、合理，对我国统筹实体水‑虚拟水以实现国家水安全具有一定的技术指导意义。