本发明涉及一种深水网箱的智能升降控制系统及控制方法，所述系统包括深水网箱托举平台，位于深水网箱下方，用于托举深水网箱，且深水网箱托举平台可带动深水网箱上下运动；至少两个升降柱；至少两个气缸，气缸安装于升降柱的顶部，气缸的活塞杆顶部与深水网箱托举平台固定连接，由气缸驱动深水网箱托举平台沿导向轨上下运动；至少两个一级控制器，一级控制器与升降柱一一对应，一级控制器安装于升降柱的顶端，且一级控制器与电磁阀控制器相连接；以及二级控制器。本发明通过升降柱的导向作用和深水网箱托举平台的托举作用保障深水网箱升降过程中的平衡，气缸和控制器设置在水面上，对气缸和控制器等部件的防水等级要求可以降低。