本发明公开了：一种利用蝇蛆进行牲畜粪便无害化处理方法，具体步骤如下：首先挑选合适的苍蝇品种进行多代培育，并选育出优良种蝇后代的幼虫进行养殖；将牲畜粪便集中进行管理；然后将虫卵转移至养殖床上，并将集中管理的粪便按比例供给至对应养殖床内进行粪便处理；待粪便处理完成后将幼虫和粪便进行分离；将分离后的粪便进行堆肥，然后检测并作为有机肥进行处理；将分离后的幼虫抽检后作为饵料成虫进行处理。本发明通过利用蝇蛆作为饲料生物进行养殖，既能够有效的处理养殖场内不同牲畜的粪便排放问题，将混合粪便转化为具有较好品质的农家有机肥，同时养殖的蝇蛆又能够作为多种牲畜及水产的饲料，提供蛋白质，并提高牲畜的抵抗力。