本发明公开了一种从发酵液中分离氨基酸碳酸盐的方法，对含氨基酸碳酸盐的发酵液进行微滤，分别得到微滤浓缩液以及微滤透过液；将微滤透过液进行超滤处理，得到超滤浓缩液以及超滤透过液；将氨基酸碳酸盐超滤透过液进行纳滤处理，得到纳滤浓缩液；将纳滤浓缩液加入活性碳脱色，得到脱色后的氨基酸碳酸盐清液；向脱色后的氨基酸碳酸盐清液中加入氧化钙或氢氧化钙，沉淀溶液中的碳酸根离子，对混合溶液进行固液分离，分别得到碳酸钙沉淀以及氨基酸清液，将氨基酸清液采用蒸发和溶析结合的方法结晶，得到氨基酸精品。本发明方法，不影响氨基酸盐成品纯度，且不需要经过离子交换、脱氨等工序，缩短了提取工艺路线，废水产生量少，降低了提取成本。