本发明涉及智能马桶技术领域，具体为应用于智能马桶的控制系统及方法，该方法包括取样步骤，根据当前检测项目控制取样装置的取样管伸出到取样位，并控制管路系统采集液体样本，液体样本为大便稀释样本或尿液样本；检测步骤，根据当前检测项目控制对应的检测装置的电机启动，带动检测卡移动，当检测卡移动至加样位时，控制管路系统向检测卡加样，液体样本与检测卡反应结束后，拍摄检测结果图像；分析处理步骤，获取检测卡的检测结果，对检测结果进行分析，得到分析结果。本发明提供的应用于智能马桶的控制系统及方法，可以自动化完成检测标本采集和检测，无需用户手动接取标本或手动将标本送入检测装置中，降低了用户操作的复杂度。