本发明属于航天技术领域，公开了一种大规模多业务卫星星座运管系统及其工作方法，该系统包括显控台、服务器、数据通信中心机、通信中心机、通信前置机和地面站，显控台与服务器连接，服务器分别与数据通信中心机和通信中心机连接，数据通信中心机和通信中心机连接均与通信前置机连接，通信前置机与地面站连接。通信前置机设有自定义应用层遥测协议和自定义应用层数据下行协议，通信中心机设有自定义应用层任务分配协议，数据通信中心机设有自定义应用层数据上行协议。本发明支持完整的卫星测控、运控、数传需求，可以同时管理多个大规模卫星星座，支持多种业务的卫星星座，能够遥控不同业务的卫星，解决了卫星星座运管系统的通用性问题。