本发明公开了一种基于图形处理器的图计算节点向量负载平衡方法及系统，本发明方法包括定期找出所有SM核中最长的和最短的节点向量长度并计算差值，差值超过预设阈值则选择两个SM核、分别设置为等待捐赠负载和接收负载捐赠的状态；向状态为接收负载捐赠的SM核发送负载平衡请求，且在该SM核在全局存储中申请存储空间地址成功后通知状态为等待捐赠负载的SM核开始转移节点向量的数据，被转移的节点向量数据会被写入负载接收方申请的存储空间地址中。本发明能够高效地实现图形处理器流处理器核间的图计算节点向量负载平衡，具有硬件结构简单、对程序员编程透明的优点，不需对原有的程序进行修改即可完成所有的负载平衡任务。