本发明公开了一种河流或水库生态清淤装置和生态清淤系统，河道护坡从下而上依次包括底层生态护坡、马道、上层生态护坡和河边道路，在所述马道上沿河道方向铺设轨道，在轨道上安置牵引车和淤泥处理箱，牵引车驱动淤泥处理箱沿轨道前进，同时在所述河边道路有淤泥运输车，淤泥运输车含有载泥车箱。本发明生态清淤装置的结构简单，依靠行走轮在河床运动和依靠牵引机构驱动前进，容易实施，成本较低，维护量小。施工效率很高，而且设备可以长期留置于马道上合适区域，在施工时引出设备即可。