本申请涉及用于微流控定位的码盘结构及微流控分析装置，码盘结构包括码盘及定位装置；码盘与微流控分析装置的芯片安装盘同步转动；码盘开设有至少二定位口，每一定位口用于对应微流控分析装置的一测量腔；定位装置具有避位槽及定位处，码盘部分位于避位槽中且与定位装置存在间隙，定位装置用于在码盘的每一定位口经过定位处时进行定位。解决了测量腔不能一次性安装定位精准导致需要通过算法来识别微流控芯片测量腔的位置的问题，避免了预存大量的数据来对测量腔进行识别的弊端，用码盘通过机械定位的原理，把温区外部码盘与微流控芯片测量腔例如PCR腔室一一相对应起来，采用码盘识别测量腔的方式，做到永久的定位。