本发明公开了一种中药配伍禁忌挖掘方法，其包括：S1、收集中药药对数据；S2、构建中药药对网络；S3、通过反社区检测算法在中药药对网络中进行药物反社区结构检测，将中药药对网络划分成若干个药物反社区；S4、对于每个药物反社区，将药物反社区中的药物进行两两组合并形成若干局部药对，通过将局部药对与已知配伍禁忌药对匹配的方式，挖掘局部药对中的中药配伍禁忌，通过筛选的方式，预测局部药对中的潜在中药配伍禁忌。该方法首次从复杂网络反社区检测的角度对中药之间的配伍禁忌进行挖掘和预测，与传统技术在所有药物中查找的方式相比，该方法是在局部进行查找，缩小了查找范围，能够高效挖掘已知配伍禁忌以及预测药物之间潜在的配伍禁忌。