本发明公开了一种梯级水库群短期优化调度方法与系统，属于水火电站协同优化调度领域，通过获取初始种群中每个个体适应度并更新种群中最优适应度个体、次优适应度个体和第三优适应度个体的位置；然后更新种群中所有个体的位置，并生成临时种群；基于更新种群所有个体位置后得到的种群和临时种群，采用变异策略筛选种群；采用自适应边界策略有效防止种群陷入局部最优。通过迭代对种群中所有个体位置进行更新，达到停止条件后将最优适应度个体位置输出作为梯级水电系统最优调度过程。本发明具有收敛速度快，求解精度高，寻优能力强及有效避免陷入局部最优解等优点，能够很好的协调电网之间的水火电站协同调度，提升经济效益，具有很强的实用价值。