本发明属于通信信号信道估计算法技术领域，具体提供了一种快速傅里叶变换域去噪信道估计方法及存储介质，先选取过采样率倍数为N，在N倍下抽操作中选取最偏离信号发送端的主导频点集，并补充M个虚拟导频点，主导频点为主能量堆范围内的导频点集，M、N均为正整数；然后将泄漏的导频点所对应的能量补充至主能量堆范围内；最后将主能量堆范围外的时谱全部置零，并进行快速傅里叶变换变回频域即可得到去噪后的导频处信道估计值。相对单纯的最小二乘信道估计，解调星座图在极低信噪比下误差向量幅度的性能提升4dB以上；相对于线性最小均方误差信道估计算法，在保证性能的前提下降低了复杂度。