本发明公开了一种基于VPN的信息管理系统网络安全防护方法及系统，方法包括：骨干网互联；建立省级通信数据专网；数据采集与控制系统互联；VPN间横向互联；规划IP地址和路由；建立边界安全防护。系统包括：第一互联模块、第二互联模块、第三互联模块、规划模块以及安全防护建立模块，用于实现上述方法。本发明将各单位通信局域网通过通信CE接入数据通信骨干网，形成全国范围内的通信数据专网，实现总部和各省公司信息管理系统的互联。本发明能提高服务器操作系统、数据库系统的安全性，提高纵向互联、横向互联、数据采集与控制系统之间数据传输的安全性，提高数据通信骨干网及各VPN的安全性，且相比于现有防护方案，业务数据的保密性和完整性更好。